和很多马拉松一样，休斯顿马拉松也在20世纪70年代开始的跑步热潮中创立，1972年首届只是默默无闻的小比赛，百来人参赛。1986年开始它变成规模较大的城市马拉松赛事，经过市区众多地标建筑。2002年开始设立半程。